Manuel ist der älteste Sohn von Paula und Martin Rainer, Inhaber vom Bäckerei-Kondi-torei-Café Rainer in Prägraten a. G. Während seines Bachelorstudiums der Geoinformation und Umwelttechnologien an der FH Kärnten machte er u. a. ein Auslandspraktikum am Tropical Marine Science Institute in Singapur. Danach absolvierte er das weiterführende Masterprogramm Spatial Information Management mit Vertiefungsrichtung Geoinformatik. Er schrieb seine Masterarbeit an der San Diego State University in Kalifornien und entwickelte dort eine Software zur interaktiven Visualisierung von Self-Organizing Maps. Manuel schloss beide Studien mit ausgezeichnetem Erfolg ab. Seine Brüder stehen schon länger im Berufsleben: Markus ist Bäckergeselle im elterlichen Betrieb, und Martin arbeitet als Metallbearbeitungstechniker bei der Firma Metallbau Trost GmbH in Matrei i. O.